毕尔巴鄂队起源于19世纪末，它是那个时代的产物。在19世纪末由于英国和比斯开地区商业和文化交流的日益扩大,使得比斯开地区的人们看到了英国工业的强大和各种新鲜事物，于是渴望进步的资产阶级青年们纷纷离开毕尔巴鄂港口去英国学习先进的工业技术，在英国这些人看到了足球这项运动并喜欢上了这个由两队组成每队11人的运动，且还组建了一个队叫毕尔巴鄂队的球队。当这些人回国以后，这项运动就以令人惊异的速度开始传播和发展起来，并组建了巴斯克地区的第一个俱乐部—毕尔巴鄂俱乐部。

终于在1901年9月5日毕尔巴鄂俱乐部成立了，由圣何塞担当第一任主席并由33个会员组成。毕尔巴鄂竞技队在1902年夺得比斯开杯，成为了西班牙联赛的第一个冠军，在以后的几年中毕尔巴鄂队都十分活跃。1910年至1936年是俱乐部发展最为重要的一个时期，此时从事足球的青年人和球迷与日俱增，并且在这时俱乐部花费89000比塞塔买下一块地，建造能容纳3500人的体育场。

1913年8月21日圣马枚斯体育场正式建成。毕尔巴鄂竞技队在1916年决赛中击败皇家马德里队又一次夺得冠军。此后该队经历了一段衰退期，从第一次大战到1921年间从没有进入过决赛。直到以技术闻名的教练本德兰特的出现，他不断的调整队伍，终于迎来了他们盼望以久的胜利，在1935年再次击败皇家马德里队捧走冠军奖杯。毕尔巴鄂竞技队从1939年到1941年间没有参加过官方的比赛，所以他们需要从零开始。从1941年到1950年毕尔巴鄂竞技队四次问鼎联赛冠军。五十年代毕尔巴鄂竞技队发生两件大事：1.主场的变更；2.在1950年的夏天，与英格兰的比赛中萨拉射进了决定性的一球，同时使得萨拉成为了民族英雄。五十年代毕尔巴鄂竞技队并不是一帆风顺，不仅没能没有蝉联冠军，而且主教练也频频更换。毕尔巴鄂竞技队一直处于甲级球队行列。

六十年代何塞·路易斯率领毕尔巴鄂竞技队两次夺得冠军。1962年4月28日，对于毕尔巴鄂竞技队是重要的一天：他们的圣马枚斯体育场重新开幕，同年毕尔巴鄂竞技队的第一个教练德兰特去世。1964到1965年毕尔巴鄂竞技队重返欧洲，参加了La copa de Ferias杯的比赛并闯进了半决赛，1969年打进了国内联赛决赛，并取得了胜利。但是此后就再没有取得过胜利了。直到1972/73赛季，毕尔巴鄂竞技队重新进入联赛的总决赛，以2比0击败卡斯蒂利亚队。1976到77年对于毕尔巴鄂竞技队是难忘的，他们再次进入欧洲联赛的总决赛，虽夺得了第三名，但是那是毕尔巴鄂竞技队首次进入欧洲联盟杯的决赛圈。

1981到82年对于毕尔巴鄂竞技队是关键的一年，队中很多的主力受伤，不得已开始培养启用年轻的队员，并使队伍变的不可战胜，又取得了参加欧洲联盟杯比赛的资格。1982到83年，在阔别冠军27年后再次问鼎。可是在以后的几年中比赛一直没有出色的表现。1992年的夏天，教练尤普·海恩克斯到达毕尔巴鄂竞技队，他决心彻底改变毕尔巴鄂竞技队的状况，他从其他队中引进出色的球员，如瓦伦西亚的卡洛斯·加西亚，尤其是胡兰·格雷罗。这个德国教练的到来就象是一股新鲜的空气，使毕尔巴鄂竞技队的联赛排名不断前进，他执教的第一个赛季，就使毕尔巴鄂竞技队取得联赛第八名的成绩，第二赛季又夺得第五名的成绩。

1998到1999年是毕尔巴鄂竞技队比较混乱的一个赛季，最后虽然取得了第八名的成绩，但直到最后时刻才取得欧洲联盟杯的参赛积分。虽然在国王杯中被桑坦德竞技队淘汰，但在比赛中还是表现了很高的竞技水平。

2000之后，毕尔巴鄂在德国明帅海因克斯的带领下取得了不错的成绩，然而他和俱乐部出现摩擦，由二队教练巴尔韦德担任主教练并取得了非常好的成绩。03/04赛季，在少帅巴尔韦德的带领下，球队取得了西甲第五的好成绩，并在下一赛季的欧洲联盟杯中打入32强，还曾有过7比1血洗标准列日的惊人之举。不过05年夏天德尔奥尔诺与埃斯克罗的离去给球队带来致命的打击，在之后的两个赛季中球队深陷保级泥潭，06/07赛季更是在最后一轮才完成保级。07年新帅卡帕罗斯的到来给毕尔巴鄂竞技队注入了稳定的因素，球队成绩保持在中游水平，08/09赛季更是在阔别24年之后再一次打入国王杯决赛，取得了欧洲赛场的入场券。

球队荣誉：
联赛冠军：
1930，1931，1934，1936，1943，1956，1983，1984
国王杯冠军：
1902，1903，1904，1910，1911，1914，1915，1916，1921，1923，1930，1931，1932，1933，1943，1944，1945，1950，1955，1956，1958，1969，1973，1984
超级杯冠军：1984-85
联盟杯亚军：1976-77

球队纪录：

从未从西班牙甲级联赛中降级，曾在1930-1931赛季以12比1大胜巴塞罗那