由于维拉狄米鱼雷在赛季开始前突然解散，因此2012/13赛季俄罗斯甲级联赛参赛队伍只有17队，以主客场双循环作赛，每场赛事胜方得3分，负方0分，和局两队各得1分，最后以积分多寡决定排名，同分则以获胜场次多少决定，如果胜场相同，则顺序以相互之间对战成绩、净胜球、进球数决定名次，排名俄甲联赛前两名的球队直接升入俄超联赛，获得第三、四名的球队参加升级附加赛，排名最后两位的的球队则直接降级。